Cái chết của Viên Thế Khải chia quân Bắc Dương thành hai phe chính. Trực hệ và Phụng hệ liên minh với nhau, trong khi Hoán hệ một mình một phe. Sự công nhận quốc tế phụ thuộc vào sự hiện diện tại Bắc Kinh, và mọi bè cánh Bắc Dương đều cố gắng khẳng định mình đang thống trị thủ đô để tuyên bố tính hợp pháp.

Đoàn Kỳ Thụy và sự thống trị của Hoản hệ (1916–20)

Trong khi Lê Nguyên Hồng ngồi vào vị trí tổng thống sau cái chết của Viên Thế Khải, quyền lực chính trị lại nằm trong tay Thủ tướng Đoàn Kỳ Thụy. Chính phủ hợp tác chặt chẽ với Trực hệ do Phó Tổng thống Phùng Quốc Chương cầm đầu, để duy trì tính ổn định cho thủ đô. Những ảnh hưởng quân sự tiếp theo lên Chính phủ Bắc Dương khiến các tỉnh thành khắp đất nước từ chối chấp nhận phục tùng. Cuộc tranh luận giữa tổng thống và thủ tướng về việc liệu Trung Quốc có nên tham gia Chiến tranh thế giới thứ nhất hay không, được tiếp nối bởi tình trạng bất ổn chính trị ở Bắc Kinh. Cả Lê Nguyên Hồng và Đoàn Kỳ Thụy đều yêu cầu tướng Bắc Dương là Trương Huân, đang đóng quân ở An Huy, can thiệp quân sự vào Bắc Kinh. Khi Trương Huân hành quân đến Bắc Kinh vào ngày 1 tháng 7, ông nhanh chóng giải tán quốc hội và tuyên bố khôi phục chính quyền Mãn Thanh. Chính quyền mới sớm rơi vào tay Đoàn Kỳ Thụy khi ông trở về Bắc Kinh cùng quân tiếp viện từ Thiên Tân. Cùng một chính phủ song song ở Bắc Kinh, những bất đồng cơ bản về các vấn đề quốc gia giữa Đoàn Kỳ Thụy với tân tổng thống Phùng Quốc Chương dẫn đến việc Đoàn phải từ chức vào năm 1918. Trực hệ liên minh với Phụng hệ do Trương Tác Lâm lãnh đạo, và đánh bại Đoàn Kỳ Thụy trong Chiến tranh Trực–Hoản vào tháng 7 năm 1920.

Tào Côn và sự thống trị của Trực hệ (1920–24)

Sau khi Phùng Quốc Chương chết vào năm 1919, Trực hệ do Tào Côn lãnh đạo. Trực hệ liên minh với Phụng hệ chỉ đơn thuần vì lợi ích nhất thời, và chiến tranh giữa hai bè cánh này sớm nổ ra vào năm 1922, với kết quả là Trực hệ đẩy Phụng hệ về Mãn Châu. Tiếp theo, Trực hệ muốn củng cố tính hợp pháp của mình và thống nhất đất nước bằng cách đưa Lê Nguyên Hồng trở lại vị trị tống thống và khôi phục Quốc dân đại hội. Họ đề xuất Từ Thế Xương và Tôn Dật Tiên nên đồng thời từ chức tổng thống để ủng hộ Lê Nguyên Hồng. Không thể chịu đựng được những yêu cầu ngặt nghèo của Tôn Dật Tiên, Trực hệ thuyết phục tướng Quốc dân đảng Trần Quýnh Minh trở cờ bằng cách công nhận ông là Tổng đốc Quảng Đông. Với việc Tôn Dật Tiên bị đuổi khỏi Quảng Châu, Trực hệ đã khôi phục một cách hời hợt chính phủ hợp hiến tồn tại trước khi Trương Huân đảo chính. Tào Côn mua chức tổng thống vào năm 1923, bất chấp sự phản đối của Quốc dân đảng, tàn dư Phụng hệ, Hoản hệ, một số thuộc cấp của ông và công chúng. Mùa thu năm 1924, Trực hệ dường như đang trên đà chiến thắng tuyệt đối trong Chiến tranh Trực–Hoản lần thứ hai cho đến khi Phùng Ngọc Tường phản bội bè cánh, chiếm lấy Bắc Kinh và bỏ tù Tào Côn. Các lực lượng Trực hệ bị đánh cho tan tác từ phía bắc nhưng vẫn giữ lấy khu vực trung tâm.

Đoàn Kỳ Thụy trở lại trong vai trò tổng thống lâm thời (1924–26)

Việc Phùng Ngọc Tường trở cờ khiến Ngô Bội Phu cùng Trực hệ bị đánh bại, buộc phải rút lui về phía nam. Trương Tác Lâm bất ngờ chiến thắng, bổ nhiệm Đoàn Kỳ Thụy làm tổng thống lâm thời mới vào ngày 24 tháng 11 năm 1924. Chính phủ mới của Đoàn Kỳ Thụy được Trực hệ miễn cưỡng công nhận, vì Đoàn Kỳ Thụy không sở hữu quân đội riêng nên được coi là một lựa chọn trung lập. Ngoài ra, thay vì "tổng thống", Đoàn Kỳ Thụy chỉ là tống thống lâm thời, một vị trí tạm thời và do đó rất yếu về mặt chính trị. Đoàn Kỳ Thụy kêu gọi Tôn Dật Tiên cùng Quốc dân đảng ở miền nam tái khởi động đàm phán theo hướng thống nhất đất nước. Tôn Dật Tiên yêu cầu bãi bỏ "các hiệp ước bất bình đẳng" với liệt cường nước ngoài và thành lập một quốc hội mới. Trước áp lực dư luận, Đoàn Kỳ Thụy buộc phải hứa sẽ tổ chức một quốc hội mới trong ba tháng; tuy nhiên, ông không thể đơn phương hủy bỏ các hiệp ước bất bình đẳng, vì sự công nhận mà liệt cường nước ngoài dành cho chế độ của ông được xác định bởi chính những hiệp ước này. Tôn Dật Tiên qua đời vào ngày 12 tháng 3 năm 1925 và các cuộc đàm phán hoàn toàn đổ vỡ.

Với sức mạnh quân sự bè cánh đang trong tình trạng hỗn loạn, chính phủ Đoàn Kỳ Thụy phụ thuộc một cách vô vọng vào Phùng Ngọc Tường và Trương Tác Lâm. Biết hai quân phiệt không ưa nhau, Đoàn Kỳ Thụy liền tìm cách theo người này, chống người kia. Ngày 18 tháng 3 năm 1926, một cuộc tuần hành phản đối đã được tổ chức, lên án hành động xâm phạm chủ quyền của liệt cường nước ngoài và một vụ việc gần đây ở Thiên Tân, liên quan tới một tàu chiến Nhật Bản. Đoàn Kỳ Thụy điều động quân cảnh giải tán người biểu tình. Trong hỗn chiến, 47 người biểu tình đã thiệt mạng, hơn 200 người khác bị thương, trong đó có Lý Đại Chiêu, đồng sáng lập Đảng Cộng sản Trung Quốc. Sự kiện trên được gọi là Thảm sát ngày 18 tháng 3. Tháng sau, Phùng Ngọc Tường lại nổi dậy, lần này chống lại Phụng hệ, phế truất Đoàn Kỳ Thụy, người phải đến náu nhờ Trương Tác Lâm để được bảo vệ. Trương Tác Lâm, ngán ngẩm với tính hai mang của Đoàn Kỳ Thụy, từ chối khôi phục lại vị trí cho ông ta khi chiếm lại thủ đô Bắc Kinh. Phần lớn thành viên Hoản hệ đứng về phía Trương Tác Lâm. Đoàn Kỳ Thụy đành phải đến Thiên Tân lánh nạn rồi sau đó chuyển đến Thượng Hải, nơi ông qua đời vào này 2 tháng 11 năm 1936.

Trương Tác Lâm và Phụng hệ (1924–28)

Trong chiến tranh Trực–Phụng lần thứ hai, Phùng Ngọc Tường đã chuyển sự ủng hộ của mình từ Trực hệ sang Phụng hệ và thực hiện cuộc đảo chính Bắc Kinh, khiến Tào Côn phải ngồi tù. Phùng Ngọc Tường sớm tách khỏi Trực hệ, thành lập Quốc dân quân và liên minh với Đoàn Kỳ Thụy. Năm 1926, Ngô Bội Phu của Trực hệ phát động Chiến tranh chống Phụng hệ. Trương Tác Lâm lợi dụng tình hình, tiến vào Sơn Hải quan từ phía đông bắc và chiếm được Bắc Kinh. Phụng hệ vẫn nắm quyền kiểm soát thủ đô cho đến khi Chiến dịch Bắc phạt do Quốc quân của Tưởng Giới Thạch dẫn đầu, tước quyền lực của Trương Tác Lâm vào tháng 6 năm 1928.